Bu proses çox çətin şəraitdə başlasa da, incə siyasətlə və böyük məharətlə həyata keçirilirdi. Şəraiti çətinləşdirən amillərdən biri də bu idi ki, o zaman respublikaya rəhbərlik edənlər ölkənin maraqlarını qorumağa qadir deyildilər və buna görə də Ulu Öndər Naxçıvanda bütün Azərbaycanın mənafelərini qorumaq üçün müstəqil qərarlar qəbul etmək məcburiyyətində idi. O vaxt qəbul edilmiş həmin müstəqil qərarlar sonralar müstəqillik tariximizin şanlı səhifələri kimi qürur mənbəyinə çevrildi.

Ulu Öndərin o vaxt qəbul etdiyi tarixi qərarların bir hissəsi sərhədlərlə, vətənin hüdudlarının milli sərhədçilərimiz tərəfindən mühafizə olunmasının təşkili və həyata keçirilməsi ilə əlaqədar olmuşdur. Zaqafqaziyada sərhədlərin qorunması işinə incəliklərinə qədər bələd olan görkəmli dövlət xadimi bilirdi ki, Sədərək və Ordubad rayonları ərazisində ermənilərlə həmsərhəd olan sərhəd məntəqələri Naxçıvandakı 41-ci sərhəd dəstəsinə deyil, Ermənistan ərazisində fəaliyyət göstərən müxtəlif sərhəd dəstələrinə tabedir. Sovetlər dönəmində Naxçıvan ərazisindəki sərhəd zastavaları düşünülmüş şəkildə bu cür parçalanmışdı. Sovet dövründə Şərurdan Ermənistana gedərkən nəzarət məntəqəsi sərhəd xəttinə yaxın yerdə deyil, xeyli aralıda, muxtar respublikanın içərilərinə doğru gedən yerdə yaradılmışdı. Sədərək nəzarət məntəqəsi də Vəlidağla Dəhnə dağının birləşdiyi yerdə, "Qurd Qapısı" deyilən ərazidə təşkil olunmuşdu və Sədərək qəsəbəsi nəzarət-buraxılış məntəqəsindən o tərəfdə qalmışdı. Ordubad rayonu ərazisində isə vəziyyət daha anlaşılmaz idi. Bu rayonun ərazisindəki bütün sərhəd zastavaları ("Yaycı" sərhəd zastavasından "Kotam" sərhəd zastavasınadək) Ermənistan ərazisində süni şəkildə yaradılan Mehri Sərhəd Dəstəsinə tabe edilmişdi. Belə bir vəziyyət ermənilərin ekstremist və işğalçı hərəkətlərə başladıqları zaman sərhədçilərlə yerli hakimiyyət orqanları arasında ciddi problemlər yaradır, yerli əhalini narazı salırdı. Ulu Öndər bu vəziyyəti aradan qaldırmaq üçün qərar qəbul etdi, Sərhəd Qoşunları Zaqafqaziya Dairəsinin və 41-ci sərhəd dəstəsinin rəhbərliyindən tələb olundu ki, muxtar respublikanın ərazisindəki sərhəd məntəqələrinin hamısı bir dəstədə cəmlənsin və 41-ci sərhəd dəstəsinə tabe edilsin. Bu məsələ Naxçıvan Muxtar Respublikası Ali Məclisinin tələb etdiyi müddətdə, yəni 3 gün ərzində (30 oktyabr 1991-ci il) həll edildi.

Muxtar respublikanı iqtisadi-siyasi blokadadan, xüsusən də erməni təcavüzündən xilas etmək üçün müstəqil və cəsarətli siyasət yürüdən Ulu Öndərə Moskvadan təzyiqlər edilir, Naxçıvandakı proseslərə imperiyanın xeyrinə uyğun olan yozumlar verilirdi. Məsələn, Ulu Öndərin qardaş Türkiyə ilə əlaqələr qurmaq cəhdləri, lazım olarsa, Naxçıvana Türkiyə qoşunlarının dəvət olunması barədəki bəyanatı Müstəqil Dövlətlər Birliyinin birləşmiş silahlı qüvvələrinin baş komandanı marşal Şapoşnikovu təlaşlandırmış və o, "əgər belə olarsa, onda üçüncü dünya müharibəsi başlaya bilər" kimi sərsəm bəyanat verərək hamını qorxutmağa cəhd etmişdi. Şapoşnikovun verdiyi bu bəyanatı məntiqlə, tarixi fakta əsaslanaraq puça çıxaran Ulu Öndər bildirmişdi ki, Naxçıvanın statusu haqqında 1921-ci ildə Rusiya ilə Türkiyə arasında imzalanmış Qars müqaviləsini hələ heç kim ləğv etməyib və lazım gəlsə, həmin müqaviləyə istinadən Türkiyəyə müraciət ediləcəkdir. Ulu Öndərin mətbuata verdiyi bu açıqlama Naxçıvana da ərazi iddiasına düşmüş erməni işğalçılarına və onların havadarlarına tutarlı cavab oldu.

Naxçıvan Sərhəd Dəstəsinin əmlakının, silah-sursatının tamamilə milli sərhədçilərimizə təhvil verilməsi işi də uzaqgörən sərkərdənin qətiyyəti sayəsində ölkəmizin milli maraqlarına uyğun şəkildə həll olundu. 1992-ci ilin avqust ayının 22-də 41-ci sərhəd dəstəsi Azərbaycanın tabeliyinə keçdi və sərhəd dəstəsində müstəqil Azərbaycanın milli bayrağı dalğalandırıldı. (Bu hadisəni sərhədçilər Naxçıvan sərhəd diviziyasının yaradılması günü kimi qeyd edirlər.) Beləliklə, ölkəmizdə müəyyən xidməti ərazidə sərhədlərimizi tam mühafizə altına götürən ilk milli sərhəd dəstəsi yaradıldı. O vaxt respublikamızın ərazisindəki sərhəd dəstələrinin əmlakının bölünməsi, yəni 50 faizinin Rusiya Federasiyasının, 50 faizinin isə Azərbaycan Respublikasının sərəncamına verilməsi barədə razılaşma olmuşdu. 1992-ci ilin sentyabr ayının 19-da Naxçıvan Muxtar Respublikası Ali Məclisi Rəyasət Heyətinin yığıncağında "Naxçıvan Muxtar Respublikasının müdafiəsinin və sərhədlərinin qorunması haqqında" məsələyə baxıldı və qərar qəbul olundu. Az sonra isə muxtar respublika ərazisində yerləşmiş keçmiş SSRİ Silahlı Qüvvələrinin tabeliyində olan silah-sursatın, texnikanın, hərbi və mülki əmlakın bütövlüklə Azərbaycana təhvil verilməsi prosesinə başlanıldı.

Naxçıvana məkrli əllərin uzanmasına imkan verməmək, mürəkkəb ictimai-siyasi şəraitdə, blokadada inləyən torpaqları işğal təhlükəsindən xilas etmək zərurəti ordu quruculuğu işini daha da sürətləndirdi. 1992-ci ilin sentyabr ayının 29-da Naxçıvan Sərhəd dəstəsində mitinq keçirildi, keçmiş SSRİ zabitləri ilə təhvil-təslim prosesinin rəsmi imzalanma mərasimi oldu. Ulu Öndər Heydər Əliyevin uzaqgörən siyasəti nəticəsində Naxçıvan ərazisində yerləşən hərbi hissələrin texnika və hərbi əmlakı heç bir şərt qoyulmadan xalqımızın ixtiyarına verildi və sovet sərhədçiləri Naxçıvandan yola salındı.