Təhvil alınmış hərbi hissələri şəxsi heyətlə komplektləşdirmək, eləcə də təhvil alınan sərhəd dəstələrini hazırlıqlı əsgərlərlə təmin etmək üçün Neftçala Təlim Bazasının Sərhəd Qoşunlarının tabeçiliyinə keçməsinin böyük əhəmiyyəti var idi. 1992-ci ilin iyul ayının 8-də təlim bazası çətinliklə də olsa təhvil alındı və burada milli sərhədçilərimizin hazırlanmasına başlanıldı.

Cənub sərhədlərində xidmət edən keçmiş SSRİ sərhədçiləri artıq könülsüz xidmət aparır, qaçaqmalçılıq və sərhədpozma halları baş alıb gedirdi. Təxribatçı qüvvələr bu əlverişli vəziyyətdən öz məqsədləri üçün yararlanırdılar. Belə bir şəraitdə Azərbaycan sərhədçiləri cənub sərhədlərini təcili surətdə öz nəzarətlərinə götürməli idilər. Məhz buna görə də DSMK birtərəfli qaydada 1992-ci ilin avqust ayının 1-də Lənkəran Sərhəd Dəstəsinin, avqust ayının 9-da isə Göytəpə Sərhəd Dəstəsinin yaradıldığını elan etdi. DSMK-nın atdığı bu məqsədyönlü addımları keçmiş SSRİ sərhədçilərinin rəhbərliyi çox narahatlıqla qarşılayır, hər vasitə ilə daxili pozucu qüvvələrin gücündən istifadə edib, artıq gedən prosesin qarşısını almağa çalışırdılar. Lakin son dərəcə ağır olsa da, həmin dövrdə xidmət edən milli zabit və gizirlərimizin köməkliyi ilə öz sərhəd dəstələrimizin yaradılması işi uğurla həyata keçirilməkdə idi.

1992-ci ilin oktyabr ayından başlayaraq Hadrutda yerləşən Horadiz Sərhəd Dəstəsinin qəbulu məsələsi ön planda dururdu. Həmin ilin mart ayından başlayaraq sovet sərhədçiləri tərəfindən bu sərhəd dəstəsinə məxsus nə var idisə, hamısı ermənilərə təhvil verilmişdi. Odur ki, həmin sərhəd dəstəsinin nəzarət etdiyi ərazidə baş verə biləcək təxribatların qarşısını almaq üçün dövlət sərhədimizin bu sahəsi Azərbaycan sərhədçiləri tərəfindən tezliklə mühafizəyə götürülməli idi. Bir sıra çətinliklərə baxmayaraq 1992-ci ilin noyabr ayının 1-də Horadiz sərhəd dəstəsi də sərhədçilərimiz tərəfindən təhvil alındı.

Xəzər dənizi hövzəsində dövlət sərhədinin mühafizəsini təmin etmək məqsədilə 1992-ci ilin oktyabr ayının 6-da Rusiya Federasiyası və Azərbaycan Respublikası arasında bağlanan müqavilənin şərtlərinə uyğun olaraq 27 noyabr 1992-ci il tarixdə Əlahiddə Sərhəd Gözətçi Gəmilər Briqadası Sərhəd Qoşunlarının ixtiyarına verildi. Lakin bütün gəmilər, silah-sursat, avtomobil və digər texnika ölkəmizdən çıxarılaraq Həştərxana aparılmışdı. Azərbaycanda yalnız iki ədəd xidmətə yararsız gəmi qalmışdı.

Keçmiş sovet sərhədçilərinin Azərbaycan ərazisindən çıxarılması prosesi 1993-cü ilin aprel ayına qədər davam etdi. Həmin ilin aprel ayının 5-də Azərbaycan Respublikası ərazisində yerləşən sonuncu rabitə taborunun təhvil-təslimi başa çatdı və bununla da, sonuncu sovet sərhədçisi ölkəmizin ərazisini tərk etdi.

Dağıdılmış zastavaları, bərbad hala salınmış kazarmaları, sıradan çıxarılmış mühəndis-texniki və rabitə qurğularını gərgin və ağır şəraitdə bərpa etmək böyük iradə tələb edirdi. Sərhədçilərimiz bu şərəfli vəzifənin öhdəsindən layiqincə gəldilər.

Respublikamızda ordu quruculuğu, o cümlədən Sərhəd Qoşunlarının yaranma prosesi müxtəlif siyasi qüvvələrin hakimiyyət ehtiraslarının qızışdığı dövrlə üst-üstə düşmüşdü. Erməni təcavüzünə məruz qalan ölkəmizdə daxili siyasi vəziyyətin də qeyri-sabit olması, siyasi hakimiyyətdəki qüvvələrin naşılığı, bacarıqsızlığı Sərhəd Qoşunlarımızın formalaşmasına mane olur, sərhədlərimizin mühafizəsi işinin təşkili üçün əsaslı tədbirlərin həyata keçirilməsinə imkan vermirdi.

1992-ci ilin oktyabr ayının 9-dan etibarən DSMK Milli Təhlükəsizlik Nazirliyinin Sərhəd Qoşunları Baş İdarəsi kimi fəaliyyət göstərməyə başladı.

Müstəqil Azərbaycan dövlətinin banisi Heydər Əliyev 1991-1993-cü illərdə Naxçıvan Muxtar Respublikasının çox ağır, çətin və mürəkkəb dövründə ictimai, siyasi, iqtisadi, mədəni həyatın bütün sahələrində olduğu kimi, ordu quruculuğu sahəsində də böyük işlər görməyə nail oldu. 1988-ci ildən etibarən avtomobil və dəmir yolu ermənilər tərəfindən bağlanan, iqtisadi blokadaya alınan, xarici aləmdən təcrid edilən muxtar respublika basqınlara və talanlara məruz qalır, sərhədyanı yaşayış məntəqələri erməni işğalçıları tərəfindən mütəmadi şəkildə atəşə tutulur, insanlar öldürülür, girov götürülürdülər. Muxtar respublikanın ərazisində olan 75-ci motoatıcı diviziyanın və 41-ci sərhəd dəstəsinin hərbçiləri isə Moskvanın siyasətinə uyğun olaraq Naxçıvanı nəinki erməni təcavüzündən qorumur, hətta bəzi hallarda ermənilərə kömək edir, yerli əhali ilə münaqişələr yaradırdılar. Belə bir vəziyyət muxtar respublikanın müdafiəsinin milli qüvvələr hesabına təşkil olunması istiqamətində təcili və təxirəsalınmaz tədbirlərin görülməsini tələb edirdi. Heç təsadüfi deyildir ki, uzaqgörən dövlət xadimi Ali Məclisin sədri seçildikdən cəmi üç gün sonra, 1991-ci ilin sentyabr ayının 6-da Naxçıvan Muxtar Respublikası Dövlət Milli Müdafiə Komitəsi yaradılması barədə qərar verdi. Belə bir qərar qəbul etməklə uzaqgörən sərkərdə Azərbaycanın ilk peşəkar, vahid rəhbərliyə tabe olan milli ordusunun əsasını qoydu. Ulu Öndərin rəhbərliyi ilə Milli Müdafiə Komitəsinin statusu, strukturu, təşkili haqqında qanunvericilik bazası yaradıldı, fəaliyyət istiqamətləri müəyyənləşdirildi və Naxçıvandakı sovet hərbi hissələrinin milliləşdirilməsi prosesinə başlanıldı.