1992-ci ilin oktyabr ayının 18-də Naxçıvan Sərhəd Dəstəsində gənc əsgərlərin andiçmə mərasimi keçirildi. Bu andiçmə Azərbaycan Respublikasının milli sərhədçilərinin ilk andiçmə mərasimi idi. Andiçmə mərasimində iştirak edən Ulu Öndər sərhədçiləri təbrik edərək bu sözləri dedi: "Siz müstəqil Azərbaycanın sərhədlərinin toxunulmazlığını, respublikamızın ərazi bütövlüyünü təmin edən sərhəd qoşunlarının sıralarında xidmət etməyə başlayırsınız. Siz indi müstəqil Azərbaycan dövlətinə sədaqətlə xidmət etmək andı içdiniz. Bu and müqəddəs anddır. Azərbaycan xalqının son 70 ildə xidmətə gedən oğulları daim Sovet Ordusuna, Sovet dövlətinə sədaqətlə xidmət edəcəklərinə and içərdilər. Bu, o dövrün xarakterik cəhəti idi. İndi isə bizim üçün ən şərəfli, ən xoşbəxt an ondan ibarətdir ki, Azərbaycan müstəqil dövlət olub, Azərbaycan xalqı öz milli azadlığına nail olub və indi müstəqil dövlətin atributlarını yaratmaqla məşğuldur. Bu baxımdan ən mühüm sahə olan Sərhəd Qoşunlarının yaradılması prosesi gedir…
Biz bu gün çox böyük məmnuniyyət hissi ilə müstəqil Azərbaycan dövlətində Sərhəd Qoşunlarının yaranmasını məhz buradan, Naxçıvandan, Azərbaycanın bu qədim diyarından başlandığını qeyd edirik…"

1993-cü ilin iyununda Azərbaycanda hakimiyyətə qayıdan Dahi Öndər Heydər Əliyevin müdrikliyi sayəsində ictimai həyatın bütün sahələrində olduğu kimi, dövlət sərhədinin mühafizəsində də mühüm dəyişikliklər baş verdi. Dövlət sərhədlərinin mühafizəsi məsələlərinə göstərilən diqqət və qayğı sayəsində cənub sərhədlərində dağıdılmış sərhəd infrastrukturunun bərpası, ölkənin şimal və şimal-qərb sərhədlərində sərhəd məntəqələrinin yaradılması və maddi-texniki bazanın möhkəmləndirilməsi istiqamətində məqsədyönlü tədbirlər görüldü. XX əsrin 60-cı illərinin 2-ci yarısından etibarən həyata keçirilən kadr siyasəti sayəsində SSRİ sərhəd qoşunlarında məsul vəzifələrə yüksəlmiş milli sərhədçi kadrlar xidmətə cəlb edildi və peşəkar sərhədçilərin təcrübəsindən geniş istifadə olunmağa başlanıldı.

Milli Sərhəd Qoşunlarının formalaşdığı 1993-2002-ci illərdə dövlət sərhədlərinin etibarlı mühafizəsinin təşkili sahəsində böyük irəliləyişlərə nail olundu. Sərhəd Qoşunlarının maddi-texniki bazasının möhkəmləndirilməsi, maliyyə-təsərrüfat fəaliyyətinin nizamlanması, yeni yaradılmış sərhəd dəstələrində və sərhəd zastavalarında müasir tələblərə uyğun xidməti və yaşayış binalarının tikilib istifadəyə verilməsi prosesləri uğurla davam etdirildi. İqtisadi çətinliklərə baxmayaraq, Sərhəd Qoşunlarının nəqliyyat vasitələri, eləcə də rabitə avadanlıqları və xüsusi texniki vasitələrlə təminatı yaxşılaşdırıldı. Sərhəddə mühəndis-texniki qurğuların bərpası, qaçaqmalçılıqla mübarizə, şəxsi heyətin döyüş və siyasi hazırlığının yüksəldilməsi ilə yanaşı, şimal və şimal-qərb sərhədlərimizin mühafizəsinin təşkili istiqamətində də mühüm tədbirlər həyata keçirildi. Azərbaycan-Rusiya sərhədində Şəki Əlahiddə Sərhəd Komendantlığı (11 iyul 1995-ci il), Azərbaycan-Gürcüstan sərhədində isə Zaqatala (3 mart 1993-cü il), Şəmkir (15 avqust 1994-cü il) Sərhəd Dəstələri yaradıldı. Qısa tarixi vaxt ərzində Sərhəd Qoşunları nəinki formalaşma prosesini başa çatdırdı, həm də təkmilləşərək respublikanın sayılıb-seçilən hərbi qurumlarından birinə çevrildi.

Lakin bu proseslər də asanlıqla getmirdi. Sərhəd Qoşunlarının yaradılması prosesində qarşıya çıxan əsas problemlərdən biri ixtisaslı kadrların çatışmaması idi. Keçmiş SSRİ Silahlı Qüvvələri sıralarında xidmət edən azərbaycanlı zabitlərin başqa millətlərlə müqayisədə azlıq təşkil etməsi yeni yaradılmış Sərhəd Qoşunlarının sərhədçi zabitlərlə komplektləşdirilməsində çox böyük problemə çevrilmişdi. Bu işdə Dahi Öndər Heydər Əliyev tərəfindən əsası qoyulmuş Cəmşid Naxçıvanski adına hərbi internat məktəbinin yetirmələri köməyə çatdı. Bunlarla bərabər, SSRİ Sərhəd Qoşunlarında xidmət edən azərbaycanlı zabit və gizirlərin, demək olar ki, hamısı könüllü olaraq Azərbaycan Sərhəd Qoşunlarında xidmətə daxil oldular. Lakin bunlar qoşunların tələbatını tam ödəmirdi. Odur ki, ehtiyatda olan zabitlər, eləcə də digər hərbi mükəlləfiyyətli vətəndaşlar könüllü olaraq xidmət etmək üçün Sərhəd Qoşunlarına həqiqi hərbi xidmətə qəbul edildilər.

Ulu Öndər Heydər Əliyevin 1993-cü ilin noyabr ayının 2-də radio və televiziya ilə xalqa tarixi müraciəti Sərhəd Qoşunlarının da inkişaf edib möhkəmlənməsi yolunda dövlət proqramına çevrildi. Xalqın vətənpərvər oğulları müstəqil respublikamızın sərhədlərini qorumaq üçün müraciət etdilər. Əlbəttə, ilk vaxtlar təcrübəsizlik, ixtisaslı zabitlərin çatışmaması müəyyən çətinliklər törədirdi. Lakin mülki həyatdan gəlmiş zabit və gizirlər qısa müddət ərzində sərhədçi peşəsinə yiyələnə bildilər. Getdikcə qoşunların kadr potensialı yaranmağa başladı. Vicdanla, namusla, nümunəvi xidməti ilə fərqlənən zabit, gizir və əsgərlərin sayı artdı.

1992-ci ildən sərhədçi zabitlər Müdafiə Nazirliyinin tabeliyində olan Bakı Ali Ümumqoşun Komandanlıq Məktəbinin sərhəd fakültəsində hazırlanmağa başlanıldı. 1994-cü ildən başlayaraq Sərhəd Qoşunları həmin məktəbin məzunları ilə komplektləşdirildi. Məktəbin tədris prosesində Sərhəd Qoşunlarının spesifik xüsusiyyətlərinin tam nəzərə alınmaması, sərhədçi zabitlərin peşə və mənəvi-psixoloji hazırlıqlarının lazımi səviyyədə olmaması, son nəticədə dövlət sərhədinin etibarlı mühafizə edilməsi işinə mənfi təsir göstərirdi. Məhz bunları nəzərə alaraq, 1998-ci ilin dekabr ayının 1-də Ulu Öndər Heydər Əliyev Milli Təhlükəsizlik Nazirliyinin Akademiyasının yaradılması haqqında fərman verdi.